Флаг Ачаирского сельского поселения утвержден Решением Совета Ачаирского сельского поселения от 28 февраля 2018 года № 9. Затем практически то же самое описание флага было повторено в Решении Совета Ачаирского сельского поселения от 14 ноября 2018 года № 33. Согласно тексту Положения о флаге:

"2. Геральдическое значение флага
В соответствии с геральдическими нормами и историческими традициями установлены следующие элементы флага.
Простое тканевое полотнище несет в себе смысловое значение, и изображенные на нем предметы тоже несут глубокий смысл.
Флаг является официальным символом муниципального образования и вместе с гербом составляет комплекс.
Флаг – должен строиться на основе герба, поэтому:
1. Крепость красного цвета взята из герба – обозначает символ отваги и мужества казаков (как бывшая станица).
2. Колосья – символизируют трудолюбие и хлебосольство. 5 колосьев желтого цвета означают количество населенных пунктов в Ачаирском поселении.
3. Дорога белого цвета – символ благородства и чистых помыслов.
4. Голубая волнистая линия - означает река Иртыш, вдоль которой стоит Ачаирское поселение.
5. Большая часть полотнища – лазурного цвета – символ величия, мягкости и красоты.

По информации В. Пермякова