Флаг сельского поселения Трёхсельское утвержден Решением №208 Совета МО Трехсельское сельское посление от 21 октября 2013 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №8935.

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширимы к длине 2:3,воспроизводящее композицию герба Трёхсельского сельского поселения Успенского района в зеленом, синем (голубом), белом и жёлтом цветах".
Обоснование символики герба и флага.
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Изображение факела с пшеничными колосками и цветком василька являются атрибутами древнегреческой богини земледелия и плодородия Деметры.
Пшеничные колоски символизируют сельское хозяйство, основанное на выращивании зерновых.
Количество колосков аллегорически указывают на четыре населённых пункта в составе поселения.
Золото (жёлтый цвет) символизирует процветание, достаток, стабильность, почёт и уважение.
Василёк - постоянный спутник хлебных злаков и главное украшение полей. Василёк - символ преданности родной земле.
Лазоревый (синий) правый край герба в виде греческого зигзагообразного орнамента меандра, аллегорически указывает на реку Уруп, на берегу которой расположены земли и населённые пункты поселения.
Изображение меандра, также аллегорически указывает на то, что большинство жителей села Трёхсельского являются греческими переселенцами.
Лазоревый (синий, голубой) цвет символизирует волю, безупречность, чистое небо.
Серебро (белый цвет) - символ мудрости, совершенства, чистоты.
Зеленый цвет символизирует природу, плодородие, жизнь, здоровье.
Авторская группа:
идея герба и изображение В. Нагаевский (Тихорецк);
обоснование символики: В. Нагаевский и Н. Нагаевская (Тихорецк).

Материалы предоставлены "Геральдикуму" М.Шаруновым