Флаг МО Марфино утвержденрешением муниципального Cобрания от 18 мая 2004 г №МС/3-3 Описание флага:

"Флаг муниципального образования Марфино представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище разделено диагонально из верхнего угла, прилегающего к древку, на верхнюю зеленую и нижнюю голубую части.
В центре полотнища помещено изображение березового листа, наклоненного от древка. Березовый лист разделен на обращенную к древку белую и желтую части. Габаритные размеры изображения составляют 3/10 длины и 1/2 ширины полотнища. Между изображением березового листа и верхним, прилегающим к древку углом полотнища помещено изображение желтого знака интеграла, между изображением березового листа и нижним, противоположным древку углом полотнища - изображение белого знака интеграла".

"Лист березы, скошенный серебром и золотом, а также золотой и серебряный знаки интеграла символизируют нахождение на территории муниципального образования ведущего научного учреждения в области исследования растений - Института физиологии растений им. К.А.Тимирязева. Зеленое поле символизирует леса, произраставшие в Марфино. Голубое поле символизирует память о прудах и речке Каменке, ныне исчезнувшей в подземной трубе".

Использованы материалы сайта MOSDAY.RU

Позднее муниципальное образование Марфино преобразовано в муниципальный округ Марфино. Флаг муниципального округа Марфино утверждён Решением Совета депутатов Муниципального округа Марфино от 29 февраля 2016 года № СД/4-8.

"2.1. Описание флага муниципального округа Марфино:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального округа Марфино, выполненную зеленым, синим, белым и жёлтым цветом».
2.2. Обоснование символики флага муниципального округа Марфино.
Лист березы совместно с отрезками нитей, выложенными в виде знака интеграла, символизируют нахождение на территории муниципального образования ведущего научного учреждения в области исследования растений — Института физиологии растений им. К. А. Тимирязева. Зелёное поле символизирует леса, произраставшие в Марфино. Голубое поле символизирует память о прудах и речке Каменке, ныне исчезнувшей в подземной трубе.
Зелёный цвет символизирует весну и природу, здоровье, молодость и надежду.
Голубой цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Жёлтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства.

По сообщению В. Пермякова

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 10492.