Флаг района Южное Бутово "представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3. В верхней голубой части флага, составляющей 1/3 его ширины, 7 желтых восьмиконечных звезд, расположенных горизонтально в линию (размер звезд - 1/10 ширины флага, размер средней звезды - 1/10 длины флага). В середине зеленой нижней части флага на фоне белой полосы в виде бутовых камней желтые раскрытые ворота (размер ворот: высота - 1/7 ширины флага, ширина - 1/6 ширины флага; высота полосы из бутовых камней - 1/3 ширины флага). Оборотная сторона флага воспроизводит лицевую сторону, при этом изображения лицевой и оборотной стороны располагаются идентично по отношению к древку флага".
Автор рисунка флага - E.Козина.

Информация и рисунок предоставлены Е.Н.Козиной, ООО "Геральдический центр "Держава"

5 февраля 2004 года Решением муниципального Cобрания №1/2 были утверждены флаг и герб муниципального образования Южное Бутово. Флаг МО в точности повторяет флаг района. Официальное описание флага:

"Флаг муниципального образования Южное Бутово представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище состоит из двух горизонтальных полос: верхней голубой, ширина которой составляет 1/3 ширины полотнища и зеленой.
В голубой полосе помещено изображение семи желтых звезд, равномерно распределенных по горизонтальной осевой линии полосы. Габаритные размеры средней звезды равны 1/10 длины (3/20 ширины) полотнища, остальных звезд - 1/15 длины (1/10 ширины) полотнища.
В зеленой полосе помещено примыкающее к нижнему и боковым краям полотнища изображение белой стены из бутовых камней с желтыми, раскрытыми воротами посередине. Высота белой стены из бутовых камней составляет 1/3 ширины полотнища. Габаритные размеры раскрытых ворот равны 11/24 длины и 3/5 ширины полотнища".

Золотые звезды символизируют населенные пункты, исторически существовавшие на территории муниципального образования, - станцию Бутово, деревни Поляны, Гавриково, Чернево, Язово, Щиброво, Потапово. Серебряная стена в виде бутовых камней - гласный символ (бут - камень неправильной формы, использовавшийся для строительства), отражающий название местности и активное жилищное строительство, благодаря которому возникло муниципальное образование. Золотые ворота символизируют расположение местности на южной границе города, ее роль как "ворот" Москвы по автомобильной и железной дорогам. Голубое поле символизирует залегание мощных водных пластов и большое количество водоемов. Зеленое поле символизирует сохранение лесов, природных парков, дачных поселков.

Использованы материалы официального сервера правительства Москвы

Решением Совета депутатов МО Южное Бутово от 30 октября 2019 года № 26/10 установлено считать герб и флаг муниципального образования Южного бутово символами муниципального округа Южное Бутово. Флаг Южного Бутово внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12817.

2.1. Описание флага муниципального округа Южное Бутово гласит:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба муниципального округа Южное Бутово, выполненные зеленым, синим, белым и желтым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

2.2. Обоснование символики флага муниципального округа Южное Бутово.
Флаг муниципального округа Южное Бутово создан на основе герба муниципального округа Южное Бутово и повторяет его символику.
Семь желтых звезд символизируют населенные пункты, исторически существовавшие на территории муниципального округа Южное Бутово, – станцию Бутово, деревни Гавриково, Поляны, Потапово, Чернево, Щиброво и Язово.
Белая стена в виде бутовых камней – гласный символ (бут – камень неправильной формы, использовавшийся для строительства), отражающий название муниципального округа и активное жилищное строительство, благодаря которому возникло Южное Бутово.
Желтые ворота символизируют расположение муниципального округа на южной границе города, его историческую роль как «ворот» Москвы по автомобильной и железной дорогам.
Синее поле символизирует залегание мощных водных пластов и большое количество водоемов на территории муниципального округа Южное Бутово.
Зеленое поле символизирует сохранение лесов, природных парков, дачных поселков.
Примененные во флаге цвета символизируют:
зеленый цвет – символ жизни, молодости, природы, роста, здоровья;
синий цвет (лазурь) – символ мира, искренности, чести, славы, преданности, истины и добродетели;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, невинности, верности, надежности и доброты;
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, солнечной энергии, богатства, силы, устойчивости и процветания.

По информации В. Пермякова.