Флаг утверждён Постановлением правительства №695 "Об учреждении флага Министерства путей сообщения Российской Федерации" от 10 июля 1995 года. Правда, в этом постановлении не указан внешний вид флага, разработать его было поручено МПС. В результате конкурса лучшим был признан проект, предложенный главным редактором журнала "Железнодорожное дело" В.И.Волковым и художницей Е.В.Волковой.
Над парадным подъездом здания Министерства путей сообщения в Москве был вывешен флаг, на котором эмблема ж.д. представляет собой крылатое колесо и скрещенные железнодорожные инструменты.
Изображение восстановлено по фотографии флага из архива В.Ломанцова (июль 2003)
Внешний вид этого флага устанавливался Приказом Министра путей сообщения РФ от 27 июля 1995 года №12Ц "Об учреждении флага Министерства путей сообщения Российской Федерации". Официальное описание флага:
"Флаг Министерства путей сообщения Российской Федерации изготавливается из бархата, шелка или флажной ткани и представляет собой прямоугольное полотнище белого цвета. Отношение ширины флага к его длине 2:3.
На лицевой стороне флага располагаются:
в верхней левой четверти полотнища изображение в уменьшенном виде трехцветного Государственного флага Российской Федерации;
в правом нижнем углу - золотистого цвета эмблема железнодорожного транспорта в виде летящего колеса и под ним перекрещенные гаечный ключ и молоток, выполненные методом золотого шитья. Оборотная сторона флага аналогична лицевой.
Флаг укрепляется на древке красного цвета, увенчанном полукруглым наконечником золотистого цвета, к которому привязывается плетеный шнур с двумя кистями золотистого цвета, или поднимается на флагштоке".
Текст предоставлен М.В.Коротеевым.
Позже (~2004) эмблема на флаге изменилась, ей стал серебряный двуглавый орел под тремя коронами, имеющий нагрудный щиток с перекрещенными инструментами, держащий в когтях крылатое колесо.
Изображение восстановлено по фотографии флага из архива В.Ломанцова (апрель 2004, Самара)
В марте 2004 года Министерство путей сообщения было упразднено, его функции переданы вновь образованному Министерству транспорта и связи, затем - Министерству транспорта.
В марте 2006 года при утверждении символики Федерального агентства железнодорожного транспорта было официально признано, что постановление Правительства РФ от 10 июля 1995 года №695 утратило силу.
Приказом Федерального агентства железнодорожного транспорта от 17 июля 2006 г. №102 "Об увековечении флага МПС России" (подписан ВрИО руководителя агентства К.П.Шенфельдом) было решено "установить в здании Федерального агентства железнодорожного транспорта на вечное хранение флаг Министерства путей сообщения Российской Федерации как памятный экспонат истории железнодорожного транспорта".