Штандарт (флаг) Президента Российской Федерации утверждён президентским Указом №319 от 15 февраля 1994 года. Штандарт (флаг) представляет собой квадратное полотнище из трёх горизонтальных полос: белой, синей и красной; в центре изображён золотом герб России (вариант без гербового щита). Штандарт обшит золотой бахромой, на древке укреплена серебряная скоба с выгравированными именем и годами правления президентов. Оригинал штандарта находится в служебном кабинете Президента РФ в Кремле. Прообразом штандарта Президента послужил вероятно флаг "царя Московского" петровских времён.
Для использования на торжественных мероприятиях в Кремле был создан специальный штандарт с использованием золотых нитей. Орёл на нем имеет красные (!) короны, всадник на груди пронзает копьем коричневого дракона (источник фото: http://www.mk.ru).
При президентах Б.Ельцине и В.Путине использовался штандарт, на котором всадник был прорисован подобно Св.Георгию в гербе города Москвы (на втором фото президент В.Путин вручает награду Л.Зыкиной, 2004 г.).
В 2007 году президента стал иногда сопровождать странного вида штандарт, не совсем соответствующий Федеральному конституционному закону о гербе РФ: вместо всадника-змееборца в нагрудном щитке у орла изображён Святой Георгий (с нимбом). Напомним, что в 1993 году всадник на щите был сознательно не назван Святым Георгием, отчасти из толерантности к многотысячной армии атеистов, мусульман, буддистов и других нехристиан, а отчасти из уважения к исторической преемственности - на древних русских монетах изображался именно всадник, князь, Святым Георгием он стал только в XVIII веке.
В 2009 году стали использовать штандарт президента, на котором всадник был перерисован в виде европейского рыцаря в латах, на коне - зеленый подседельник.
В том же 2009 году использовался похожий штандарт, но седло тёмно-красное. Этот же штандарт использовался на церемонии вручения государственных наград в октябре 2010 года.
Как президентом В.Путиным, так и президентом Д.Медведевым использовался штандарт c другой прорисовкой всадника (вручение премии Д.Харатьяну (2007, фото 1), вручение наград олимпийцам в 2009 году, вручение госпремий артистам в 2010 году (фото2)): на груди всадника пластинчатые латы, прическа более аккуратная, седло красное, змей черный с золотистыми штрихами.
21 сентября 1995 года Министром Обороны одобрен эскиз флага Главнокомандующего Вооруженными Силами РФ (коим в России является Президент). Флаг повторяет рисунок Штандарта Президента, но имеет пропорции 2:3. Такой флаг действительно использовался на некоторых судах, где присутствовал президент.
Однако, официальным все же является квадратный вариант.
На параде Черноморского флота в Севастополе 9 мая 2014 года на катере президента был поднят квадратный штандарт с тонкой жёлтой каёмкой (как бы имитирующей золотую бахрому штандарта).
В 2016 г. при посещением президентом крейсера "Аврора" также вывешивался квадратный флаг (но без каймы). Такой же флаг без каймы поднимался на президентском катере в День ВМФ 30.07.2017 г.