Самоуправление Шилутского района входит в Клайпедский уезд. Центр – г.Шилуте. Самоуправление образовано в апреле 2001 года из Шилутского района, включает город Шилуте, 7 местечек и 310 деревень, объединенных в 11 староств, из которых Русненское (Rusnės seniūnija), Шилутское (Šilutės seniūnija), Швексненское (Švėkšnos seniūnija), Ваинутское (Vainuto seniūnija), Жемайтско-Науместиское (Žemaičių Naumiesčio seniūnija) староства и деревня Дегучяй имеют свои флаги.

В 1511 году Георг Таллат приобрел на дороге из Тильзита (совр. Советск) в Мемель (совр. Клайпеда) постоялый двор (гостиницу) с корчмой и правами на рыболовство, где был открыт рыбный рынок, на котором крестьяне из соседней Самогитии (Жмуди, Жемайтии) вели товарообмен с куршскими и прусскими рыбаками. Постоялый двор получил название Хейдекруг (нем. Heydekrug от устаревшего нем. Krug – корчма, и Неyde – пустошь, корчма на пустоши), с которого жемайтско-прусское население сделало кальку - Šilokarčema (Шилокорчма, корчма на пустоши). С 1722 года Хейдекруг стал центром района и с 1818 года – земельного округа Хейдекруг (Landkreis Heydekrug) в правительственном округе Гумбиннена провинции Восточная Пруссия Королевства Пруссия (с 1871 года – в составе Германской империи). В 1920 году по Версальскому мирному договору земельный округ Хейдекруг был отделен от Германии и включен в состав Мемельской области под управлением Лиги Наций, в 1923 году в составе Мемельской области Хейдекруг с окрестностями отошёл Литовской Республике, в которой стал называться Шилуте (Šilutė). В 1939 году возвращен в состав Германии, в 1945 году включен в состав Союза ССР и передан Литовской ССР, где до 1950 года существовал Шилутский уезд, а в 1950-2000 гг. – Шилутский район.

Флаг самоуправления создан художником Ромасом Тарвидасом (Romas Tarvydas) и представляет собой белое прямоугольное полотнище (2:3) с каймой, состоящей из изумрудно-зеленых, белых и чёрных квадратов, в центре которого изображен герб города Шилуте, утвержденный 5 октября 1995 года указом президента Литовской Республики на основе герба г.Шилуте, существовавшего в 1968-1970 года, автором которого являлась художница Стася Жилиене (Stase Žilienė), и представляющий собой щит, рассеченный на изумрудно-зеленую и черную половины, в котором изображены два стилизованных серебряных паруса с флюгером куршских рыбаков и серебряный почтовый рожок, которые символизуют традиционный рыбный промысел в Куршском заливе и известную с 1718 года почтовую станцию на старом почтовом тракте (герб Хейдекруга 1941 года также состоял из серебра, зелени и черни).

Использованы материалы официального сайта администрации самоуправления Шилутского района