Флаг Паневежиского района повторяет его герб, утвержденный 27 октября 1995 года по рисунку Арвидаса Каждайлиса (Arvydas Každailis). Собственно похожий герб был разработан А.Каждайлисом в 1969 году для города Паневежиса: щит пересечен на два поля. В верхнем синем поле изображены два перекрещенных серебряных снопа льна; в нижнем серебряном поле - красный с двумя золотыми лемехами плуг.

Использован рисунок В.Мисюнаса для сайта Flags of the World