Клайпедское городское самоуправление входит в состав Клайпедского уезда. Центр – г.Клайпеда. Самоуправление включает в себя город Клайпеду (лит. Klaipėda), расположенную на Куршской косе его отдельную часть Смилтене (лит. Smiltynė) и Мелнраге-Гирулиусское староство (Melnragės ir Girulių seniūnija).

Флаг г.Клайпеды создан в 2005 году художницей Юратой Бизаускиене (Jūratė Bizauskienė) и представляет собой квадратное полотнище (10:11), состоящее из двух вертикальных равновеликих полос – золотой у древка и красной у свободного края полотнища, в центре которого помещен многоцветный герб Клайпеды, восстановленный в 1992 году дизайнером Кестутисом Микевичюсом (Kęstutis Mickeviċius) в Клайпедском дизайнерском центре на основе исторических изображений, одобренный 18 июня 1992 года Геральдической комиссией Литвы (протокол №79) и утвержденный 1 июля 1992 года постановлением Президиума Верховного Совета Литовской Республики.

Во время празднования в 2002 году 750-летия основания Клайпеды и празднования в 2003 году 750-летия коронации Миндовга уже использовался жёлто-красный прямоугольный флаг с гербом в центре.

Жёлто-красное полотнище, но с горизонтальным расположением полос, было в 1920-1923 годах флагом судов Мемельской области (нем. Memelgebiet), отделенной в 1920 году от Германии по Версальскому мирному договору и управлявшейся Лигой Наций в лице французской администрации.