Город Йонишкис (Joniškis) является центром Самоуправления Йонишкского района Шяуляйского района, а также центром входящего в него Йонишкского староства (Joniškio seniūnija).

На белом полотнище флага Йонишкиса изображен герб, дарованный Йонишкису в 1616 году королем Сигизмундом Вазой и подтвержденный 17 апреля 1991 года: Святой Архангел Михаил, сражающийся с драконом. Щит герба окружен серебряным лавровым венком. Герб символизирует борьбу с протестантизмом.

Использован рисунок В.Мисюнаса для сайта Flags of the World