Алитусское городское самоуправление состоит из города Алитуса, включающего 8 городских микрорайонов, на территории которого также расположена администрация губернатора Алитусского уезда и администрация самоуправления Алитусского района.

Флаг Алитуса, один из первых в Литовской Республике, создал ещё в 1993 году художник Дайниус Гайлиюс (Dainius Gailius), как гербовый флаг на основе герба Алитуса 1968 года, созданного художником Арунасом Тарабилдой (Arunas Tarabilda) по привилею короля Стефана Батория 1581 года и городской печати XVII века: красное прямоугольное полотнище (3:5) с изображением в центре белой пятилепестковой геральдической розы.

После утверждения 11 декабря 1995 года указом президента Литовской Республики эталона герба Алитуса по рисунку художника Юозаса Галкуса (Jozas Galkus) изображение розы на флаге было приведено в соответствие с эталоном герба.

В соответствии с пунктом 2 статьи 2 закона Литовской Республики от 14 марта 1996 года №I-1226 "Об атрибутике самоуправлений" (в редакции закона Литовской Республики от 20 мая 2003 года №IX-1567) герб и флаг города, являющегося центром самоуправления, одновременно являются также гербом и флагом городского или районного самоуправлений.

Использованы материалы официального сайта Алитусского городского самоуправления Источник фотографии - http://www.alytausnaujienos.lt/alytausnaujienos/paskutinionumeriostraipsniai/?nid=3436