C вступлением в силу с 1 октября 1920 года Версальского мирного договора часть германской Восточной Пруссии (в составе округа Гумбиннена) к северу от реки Мемель (Неман) была передана под управление Лиги Нации, которое осуществлялось французской администрацией.

На конференции послов стран Антанты 25 февраля 1920 года был впервые представлен флаг для торговых судов Мемельской области, которые уже не могли нести германский торговый флаг.

Он представлял собой прямоугольное полотнище, состоящее из жёлтой и красной горизонтальных равновеликих полос с эмблемой на верхней полосе у древка.

Эмблема представляла собой красный круг с черной каймой и изображением фигур городского герба г.Мемеля, известного с XVI века (червлёный щит с золотой крепостной башней с воротами в центре и двумя сторожевыми деревянными вышками по сторонам на зубчатой стене и с золотой баржей внизу).

В декабре 1922 года Лигой Наций был проведен референдум среди жителей Мемельской области, на котором им предлагалось высказаться или за возращение области в состав Германии, или за создание независимого Свободного Государства Мемельланда (Freiestaat Memelland). Ввиду того, что на референдуме более 90% его участников высказались за создание независимого Свободного Государства Мемельланда, повстанцы из Национального Совета Малой Литвы при поддержке литовских вооруженных отрядов 10 января 1923 года захватили власть в Мемельской области, и она по решению Лиги Наций в феврале 1923 года была включена в состав Литовской Республики. Флаг торговых судов Мемельской области был заменен флагом Литовской Республики и более не использовался.

По германо-литовскому договору 22 марта 1939 года Клайпедская (Мемельская) область была передана Германии и включена в состав провинции Восточная Пруссия. При этом возобновления использования флага 1920 года не произошло: органы власти и торговые суда использовали флаги Германии того времени.

В январе 1945 года Мемельская область Восточной Пруссии была занята Красной Армией. По решениям Крымской и Потсдамской конференции СССР, США и Великобритании северная часть бывшей Восточной Пруссии была включена в состав СССР и на её территории 7 апреля 1946 года образована Кёнигсбергская область РСФСР, г.Мемель (Клайпеда) с прилегающими районами включен в состав Литовской ССР.

Жёлто-красный флаг, но с вертикальным расположением полос, был принят как флаг г.Клайпеды Геральдической комиссией Литовской Республики 18 июня 1992 года (протокол №79).

При этом официальный флаг города почти квадратный (130х120 см), но во время празднования 750-летия г.Клайпеды и 750-летия коронации Миндовга (Миндаугаса) использовались прямоугольные полотнища.