В 1559 году магистр Тевтонского ордена в Ливонии (ливонский ландсмейстер) Готхард фон Кеттлер (Gotthard von Kettler) признал над Ливонией протекторат польского короля и великого князя Литовского Сигизмунда II Августа и в 1561 году преобразовал подвластные себе владения Тевтонского ордена в Ливонии в Герцогство Курляндии и Семигалии (лат. Ducatus Curlandiæ et Semigalliæ, нем. Herzogtum Kurland und Semgallen), которое находилось в ленной зависимости от Великого княжества Литовского, а с 1569 года, после Люблинской унии, - от Речи Посполитой.

В сентябре 1559 года территория Курляндского епископства была продана Дании, которая, в свою очередь, в 1585 году продала земли бывшего епископства Речи Посполитой.

В XVII веке Герцогство Курляндии и Семигалии владело островом Джеймс у Гвинейского побережья и островом Тобаго в Вест-Индии, получившим название «Новая Курляндия». По некоторым сообщениям, флагом курляндских колониальных владений было темно-красное полотнище с изображением чёрного краба. Согласно другим источникам (например, работы А.Басова), флаг с крабом был флагом военных кораблей герцогства).

Цветами Герцогства Курляндии и Семигалии были тёмно-красный и белый, торговые корабли несли флаг этих цветов, чередующихся в шахматном порядке (другие источники сообщают, что у курляндских торговых судов были флаги из двух равновеликих горизонтальных полос – тёмно-красной и белой, т.е. в цветах герцогства).

Приводим также рисунки курляндских флагов из "Bowles's Universal Display of the Naval Flags" (1783)" и из голландской флажной таблицы XVIII в.

Государственным знаменем при Фридрихе-Казимире Кеттлере (1682-1698) было вышитое золотом белое полотнище с полным гербом в центре.

При третьем разделе Речи Посполитой в 1795 году прекратилась ленная зависимость Герцогства Курляндии и Семигалии от Речи Посполитой, 28 марта 1795 года на заседании ландтага в г.Митаве (совр. Елгава) было принято решение об упразднении герцогства и присоединении Курляндии к Российской империи, в составе которой была образована Курляндская губерния.

В книге Дж.Нори и Дж.Хоббса «Флаги всех морских наций» (J.W Norie - J.S. Hobbs: Flaggen aller seefahrenden Nationen), вышедшей в свет в 1848 году, через 53 года после прекращения существования Герцогства Курляндии и Семигалии, помимо красно-белого флага приведены также два других флага – с черным одноглавым орлом на белом полотнище и с белым одноглавым орлом на красном полотнище.

В альбоме флагов ЛеГра 1858 года представлен такой флаг Курляндии. В тексте говорится: "Pavillon de Courlande. Pavillon particulier de la principaute de Courlande; il est quelquefois a fond blanc avec l`aigle noir; d`autre fois mi-partie rouge et blanc horizontal sans aigle dans le fond", т.е. оговорено и наличие белого флага с чёрным орлом, и двухполостного красно-белого флага.

Рисунок - из альбома "Album des Pavillons, guidons, flammes de toutes les puissances maritimes". M.A. Le Gras, Paris, 1858.

П.Фальк в своей статье «Наши старые земельные цвета» (Falck P. Unsere alten Landesfarben), опубликованной 25 июля 1900 года в Duna-Zeitung № 165, упоминал, что цветами дворянства (рыцарства) Курляндской губернии, использовавшимися для украшения певческих праздников, были зелёный, синий и белый (серебряный). Нам пока не удалось найти дополнительных сведений о происхождении этих цветов и их связи с гербом Курляндской губернии.

В статье "Landesfasben" (Deutscher Buch- und Steindrucker, Nr. 8, Mai 1909) Г.Штрёль сообщал о бело-красных гербовых цветах Курляндии, и писал, что с 1792 года цветами Курляндии являлись зелёный, белый и синий.