Административный центр Выруского уезда (Võru maakond, Võrumaa) и Выруской волости (город Выру в состав волости не входит).

17 декабря 1937 года Выруское городское собрание утвердило флаг г.Выру, составленный из цветов городского герба – жёлтый, зелёный и жёлтый.

T.Oja ja E.Medijainen, Eesti vapid ja lipud, Tallinn 1993

В подготовленном к подписанию в июне 1940 года проекте указа президента Эстонской Республики флаг Выру был описан следующим образом:

"Флаг города Выру – флаг, состоящий из жёлтых и одной зелёной полос, по краям флага, сверху и снизу, занимающие по 1/5 ширины флага жёлтые полосы и между ними занимающая 3/5 ширины флага зелёная полоса»Как и у флагов других городов Эстонии, в проекте указа предполагалось установить отношение ширины и длины флага как 1:2 и нормальный размер 110х220 см.

В связи с начавшейся 16 июня 1940 года советизацией Эстонии указ не был подписан. В Эстонской ССР флаг Выру не использовался.

11 ноября 1993 года Выруское городское собрание утвердило устав города, а 19 сентября 1994 года – флаг города, который был зарегистрирован в Государственной канцелярии Эстонской Республики со следующим изображением (без описания).

Использованы материалы официального сайта Государственной канцелярии Эстонской Республики

В уставе города Выру ( Võru linna põhimäärus) 2008 года и в ныне действующем уставе (Võru linna põhimäärus), принятом Выруским городским собранием 8 февраля 2012 года решением №1, флаг описан следующим образом:

"Флаг города Выру состоит из трёх частей. Средняя зелёная полоса флага составляет 3/5 ширины флага. Верхняя и нижняя полосы жёлтого цвета составляют по 1/5 ширины флага каждая. Ширина и длина флага относятся как 7:11. Нормальный размер флага 105х165 см"