6 сентября 1920 года была установлена граница между Эстонией и Латвией, которая разделила город Валк между Эстонией и Латвией. В Эстонской Республике был создан Валгаский уезд с центром в эстонской части города Валга.
В 1930-е годы городским собранием был принят флаг, в котором основные цвета герба города, зеленый и серебряный (белый), были расположены по образу и подобию расположения цветных полос на флаге Латвии, в состав которой вошла вторая часть исторического города Валк.
В подготовленном к подписанию в июне 1940 года проекте указа президента Эстонской Республики флаг Валги был описан следующим образом:
"Флаг города Валга состоит из 2 зеленых и 1 белой полос, с белой полосой в 1/7 ширины, посредине между зелёных полос в 3/7 ширины".
Как и у флагов других городов Эстонии, в проекте указа предполагалось установить отношение ширины и длины флага как 1:2 и нормальный размер 110х220 см.
В связи с начавшейся 16 июня 1940 года советизацией Эстонии указ не был подписан. В Эстонской ССР флаг Вильянди не использовался.
23 сентября 1997 года Валгаское городское собрание утвердило флаг Валги, описание которого было внесено в принятый городским собранием 24 сентября 1997 года решением №12 устав города Валги. При этом по сравнению с довоенным флагом было изменено отношение ширины и длины (с 1:2 на 7:11, как на государственном флаге Эстонии), а ширина белой полосы была увеличена с 1/7 до 1/5 ширины флага и стала совпадать с шириной белой полосы на флаге Латвии
В Государственной канцелярии Эстонской Республики флаг Валги зарегистрирован со следующим изображением и описанием:
"Зелёное полотнище с белой горизонтальной полосой посредине шириной в 1/5 ширины флага. Нормальные размеры флага 105х165 см, отношение ширины и длины 7:11. Оттенок зелёного: PANTONE 340 CV"
Использованы материалы В ныне действующем Уставе города Валга (Valga linna põhimäärus), принятом 26 мая 2000 года Валгаским городским собранием решением №7, флаг описан следующим образом:
"(3) Флаг города Валга состоит из трех полос - двух одинаковых зеленых, которые соответствуют зеленому цвету герба, и одной белой. Белая полоса равна половине зеленой. Белая полоса между двумя зелеными полосами. Отношение ширины и длины флага как 7:11 и нормальный размер флага 1050х1650 мм".
В цветном рисунке в приложении к уставу уточнен оттенок зеленого цвета как PANTONE 340 CV
В 2017 году создана Валгская волость и город Валга вошёл в ее состав.