Город Тарту (в прошлом Юрьев, Дерпт) - административный центр Тартуского уезда, второй по величине город Эстонской Республики.

В цветной таблице второго тома «Эстонской энциклопедии», изданного в 1933 году, было помещено изображение флага города Тарту, представляющего собой прямоугольное полотнище, состоящее из двух горизонтальных равновеликих полос: верхней – белой и нижней – красной. Судя по рисунку, отношение ширины и длины флага в то время было около 2:3.

В подготовленном к подписанию в июне 1940 года проекте указа президента Эстонской Республики флаг Тарту был описан следующим образом:

"Флаг города Тарту – флаг, состоящий из 2 равных, белой и красной полос, белой вверху и красной внизу".

"Как и у флагов других городов Эстонии, в проекте указа предполагалось установить отношение ширины и длины флага как 1:2 и нормальный размер 110х220 см. В связи с начавшейся 16 июня 1940 года советизацией Эстонии указ не был подписан.

В Эстонской ССР флаг города Тарту не использовался.

После восстановления независимости Эстонии флаг города Тарту вместе с гербом был зарегистрирован 12 мая 1992 года Государственной канцелярией Эстонской Республики с описанием:

"Горизонтально разделенный бело-красный флаг (отношение 1:2)"

Использованы материалы сайта Государственной канцелярии Эстонской Республики

В уставе города Тарту (Tartu linna põhimäärus), принятом 21 декабря 2006 года Тартуским городским Собранием, написано, что "Тартуский городской флаг основан на дарованном 9 мая 1584 года польским королём Стефаном Баторием с привилегией на права города бело-красном знамени, горизонтально разделённом".

В уставе города Тарту также установлено, что "в центре флага помещено изображение большого герба города Тарту (отношение высоты герба и флага – 1:2)".