Силы обороны Эстонии (Eesti Kaitsevägi) находятся в подчинении Правительства Республики и управляются Министерством обороны. Вместе с Союзом обороны Эстонии (Eesti Kaitseliit, Кайтселийт) Силы обороны входят в состав Сил защиты Эстонии (Eesti Kaitsejõud). В военное время Верховным командующим Сил обороны является Президент Эстонской Республики, а руководящим органом — Национальный совет обороны в составе председателя парламента, премьер-министра, командующего Силами обороны, министра обороны, министра внутренних дел и министра иностранных дел. В состав Сил обороны Эстонии входят три вида вооруженных сил: Сухопутные силы, Морские силы и Воздушные силы. а также Логистический центр Сил обороны (KV Logistikakeskus), батальон штаба и связи (Staabi- ja Sidepataljon), Медицинская служба (Meditsiiniteenistus), Служба главных инспекторов (Peainspektoriteenistus), Служба капелланов (Kaplaniteenistus), Высшая военная школа (Kõrgem Sõjakool), объединенный колледж Сил обороны (KV Ühendatud Õppeasutused), Боевая школа Сил обороны (KV Lahingukool), Тапаский учебный центр (Tapa Väljaoppekeskusele) и оркестр Сил обороны (Kaitseväe Orkester), являющиеся общими для всех трёх видов вооружённых сил.

Общим знаменем Сил защиты Эстонии, Сил обороны Эстонии и Союза обороны Эстонии является золотисто-жёлтое полотнище с изображением трёх синих идущих львов. С трёх сторон знамя обшито золотистой бахромой.