14 и 15 июля 1940 года состоялись выборы в Государственную думу (Riigivolikogu), которая на своей первой сессии 21 июля 1940 года приняла Декларацию о государственной власти, провозгласив установление в Эстонии Советской власти и образовании Эстонской Советской Социалистической Республики (эст. Eesti Nõukogude Sotsialistlik Vabariik, Eesti NSV), и, на следующий день, 22 июля, приняла Декларацию о вступлении Эстонской ССР в состав СССР.

6 августа 1940 года VII сессия Верховного Совета СССР первого созыва приняла постановление о принятии Эстонской ССР в состав СССР.

25 августа 1940 года Государственная дума Эстонской ССР приняла Конституцию (Основной Закон) Эстонской ССР, провозгласила себя временным Верховным Советом Эстонской ССР и утвердила состав Совета Народных Комиссаров Эстонской ССР.

В Конституции (Основном Законе) Эстонской ССР было установлено:

"Статья 116. Государственный флаг Эстонской Советской Социалистической Республики состоит из красного полотнища, с изображением на его верхнем левом углу, у древка, золотых серпа и молота и над ними – золотых букв «ENSV». Отношение ширины к длине 1:2".

31 октября 1940 года Указом Президиума Верховного Совета Эстонской ССР «Об утверждении изображения государственного флага Эстонской Советской Социалистической Республики» («Eesti Nõukogude Sotsialistliku Vabariigi riigilipu kuju kinnitamise kohta») в соответствии в описанием в Конституции Эстонской ССР было установлено изображение государственного флага и в этот же день, 31 октября, официально запрещено использование «буржуазных символов» - герба со львами и сине-чёрно-белого флага Эстонии.

Использованы материалы Вексиллологического справочника по флагам Российской империи и СССР/ Составитель В.А.Соколов. –Т.2, М.: МГИУ, 2002 и сайта Eesti Lipp 125

Видимо, в неофициальном обиходе могли использоваться изображения флагов без серпа и молота, с одной лишь аббревиатурой. В т.ч. и с русскоязычным вариантом названия республики.

Билет участника спартакиады, 1951 г. Фрагмент плаката "Победа".

В июле-августе 1941 года в ходе Великой Отечественной войны территория Эстонской ССР была оккупирована германскими войсками (Таллин был занят 28 августа 1941 года) и включена в состав созданного 17 июля 1941 года германского райхскомиссариата Остланд (Reichskommissariat Ostland) как его генеральный округ Эстляндия (Generalbezirk Estland)

В ходе наступления Красной Армии в июле – ноябре 1944 года территория Эстонской ССР была освобождена от германской оккупации (г.Таллин был освобожден 22 сентября 1944 года) и возвращена в состав Союза ССР.

6 февраля 1953 года Указом Президиума Верховного Совета Эстонской ССР «О Государственном флаге Эстонской ССР» было установлено новое описание флага:

"Государственный флаг Эстонской Советской Социалистической Республики состоит из полотнища красного цвета, через которое проходит синяя волнистая полоса с двумя белыми полосками сверху, образующие по длине флага шесть остроконечных волн. Синяя волнистая полоса вместе с белыми полосками составляет три десятых ширины флага. Верхняя красная полоса составляет половину ширины флага, нижняя красная полоса – одну пятую ширины флага. На верхней красной части полотнища флага, в левом верхнем углу, на расстоянии одной шестой длины флага от древка, изображены золотые серп и молот и над ними красная пятиконечная звезда, обрамленная золотой каймой. Отношение ширины флага к его длине 1:2"

21 августа 1953 года четвертая сессия Верховного Совета Эстонской ССР третьего созыва законом Эстонской ССР утвердила этот Указ Президиума Верховного Совета ССР и внесла новое описание государственного флага в статью 116 Конституции (Основного закона) Эстонской ССР.

Данное описание было также внесено в «Положение о государственном флаге Эстонской Советской Социалистической Республики», утвержденное 22 октября 1955 года Указом Президиума Верховного Совета Эстонской ССР, в котором было также установлено, что государственный флаг Эстонской ССР помимо общесоюзных праздников должен также подниматься и вывешиваться 21 июля – в день образования Эстонской ССР.

Постановлением Совета Министров ЭССР от 29 марта 1956 года утверждена Инструкция по применению Положения о госфлаге ЭССР, 12 марта 1974 года в нее вносились изменения.

Копия инструкции - https://www.digar.ee/arhiiv/

Рисунок флага был разработан художником-графиком Паулем Лухтейном (Paul Luhtein,1909-2007, профессор Академии искусств Эстонской ССР, в 1990-х годах - автор государственных наград Эстонии - ордена "Белая звезда" и ордена Государственного герба, автор иллюстраций многих книг).

Ни в Конституции (Основном Законе) Эстонской ССР, ни в Положении о государственном флаге Эстонской ССР не был установлен оттенок синего цвета волнистой полосы на флаге. Советский флаговед В.Н.Стрельцов (г.Одесса) определял его как «цвет электрик».

В статье 167 новой Конституции (Основного закона) Эстонской ССР, принятой 13 апреля 1978 года Верховного Совета Эстонской ССР описание государственного флага сохранилось с небольшим изменением (вместо слов «состоит из полотнища красного цвета» было написано «представляет собой красное прямоугольное полотнище»). Это новое описание было внесено в Положение о госфлаге ЭССР указом ПВС ЭССР от 12 декабря 1978 года. Позже то же было повторено и в новой редакции Положения о Государственном флаге Эстонской ССР, утвержденной 23 января 1981 года Указом Президиума Верховного Совета Эстонской ССР. Графическим приложением в этом Положении было установлено, что на обратной стороне полотнища звезда, серп и молот не изображаются.

Постановлением Совета Министров ЭССР № 75 от 6 февраля 1981 года утверждена новая редакция Инструкции по применению Положения о госфлаге ЭССР.

Использованы материалы Вексиллологического справочника по флагам Российской империи и СССР/ Составитель В.А.Соколов. – Т.2, М.: МГИУ, 2002

13 апреля 1988, в вечерней передаче Эстонского телевидения «Подумаем ещё» («Mõtleme veel»), в ходе беседы о путях использования инициативы граждан Эдгар Сависаар предложил создать демократическое движение в поддержку перестройки – Народный фронт Эстонии (Eesti Rahvarinne), символом которого стал сине-чёрно-белый флаг.

23 июня 1988 года указом Президиума Верховного Совета Эстонской ССР «О государственной и национальной символике Эстонской ССР» («Riikliku ja rahvussumboolika kohta Eesti NSV-s») синий, чёрный и белый были установлены эстонскими национальными цветами (eesti rahvusvarvideks).

20 октября 1988 года указом Президиума Верховного Совета Эстонской ССР «Об утверждении правил использования эстонских национальных символов» («Eesti rahvussümbolite kasutamise põhimääruse kinnitamise kohta») сине-чёрно-белый флаг был признан эстонским национальным флагом и установлено, что он не заменяет государственный флаг Эстонской ССР.

12 ноября 1988 года Верховный Совет Эстонской ССР аннулировал Декларацию Государственной думы от 22 июля 1940 года о вхождении Эстонской ССР в состав СССР и 16 ноября 1988 года - принял Декларацию о суверенитете Эстонской ССР,

30 марта 1990 года Верховный Совет Эстонской ССР принял постановление «О государственном статусе Эстонии» («Eesti riiklikust staatusest»), в котором установил, что «оккупация 17 июня 1940 года Советским Союзом Эстонской Республики не прекратило де-юре существования Эстонской Республики», признал незаконной государственную власть Союза ССР в Эстонии с момента ее установления, провозгласил начало восстановления Эстонской Республики и объявил переходный период для формирования конституционных органов государственной власти Эстонской Республики.

http://www.nommevalitsus.org/?p=4021

На основе этого постановления Верховный Совет Эстонской ССР 8 мая 1990 года принял Закон Эстонской ССР «Символы Эстонии» («Eesti sumboolikast»), который отменил название «Эстонская Советская Социалистическая Республика» и ввёл официальное название «Эстонская Республика», прекратил использование герба, флага и гимна Эстонской ССР в качестве государственных символов и наряду с пятью другими параграфами Конституции Эстонской Республики 1938 года ввёл в действие её параграф 6, гласивший:

"Параграф 6. Государственными цветами Эстонии являются синий, черный и белый".

Внешний вид Государственного флага и Государственного герба определяется законом»

https://www.riigiteataja.ee/akt/24029

10 мая 1990 года Президиум Верховного Совета Эстонской Республики принял постановление «Об использовании эстонского национального флага, как государственного символа восстановленной независимой республики» («Eesti rahvuslipu kui taastatava iseseisva vabariigi riikliku sümboli kasutamise korra kohta»), которым было регламентировано использование флага.