Государственная пограничная служба Азербайджана создана указом президента от 31 июля 2002 года. Знамёна и флаги Государственной пограничной службы утверждены Указом президента Азербайджана от 14 января 2004 года № 14 "Об утверждении Положения «О боевом знамени Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики — пограничных войск и воинских частей» и «Описания боевого знамени пограничных войск и воинских частей государственной пограничной службы Азербайджанской Республики". Позже эти же знамена подтверждены Указом Президента АР И.Алиева от 4 октября 2018 года № 283 "О военных флагах Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики и пограничных морских флагах" (с некоторыми добавлениями).

Знамя Государственной пограничной службы [Указ 4.10.2018 г № 283] - двустороннее полотнище 150х90 см с золотой бахромой, лицевая сторона соответствует государственному флагу, на обороте эмблема Государственной пограничной службы высотой 55 см и внизу надпись "Государственная пограничная служба". "Dövlət Sərhəd Xidməti". Высота букв 4,5 см. Знамя имеет деревянное тёмно-коричневое древко диаметром 4 см и длиной 250 см. (остальные знамена погранслужбы имеют такие же древки).

Боевое знамя пограничных войск Государственной пограничной службы [Указ 14.01.2004 г № 14, Указ 4.10.2018 г № 283]. Лицевая сторона знамени в общем повторяет государственный флаг. На оборотной стороне знамени в центре полотнища добавлена эмблема, под эмблемой надпись: "Государственная пограничная служба. Пограничные войска". (Dövlət Sərhəd Xidməti. Sərhəd Qoşunları). Высота букв 4,5 см. По тексту официального описания Боевого знамени:

"Боевые знамена Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики — Пограничных войск и воинских частей состоят из двустороннего полотнища, древка и шнура с кисточкой.
Полотнище знамени — это прямоугольник шириной 90 см и длиной 150 см. Оно изготовлено из двухслойной трехцветной (цвета Государственного флага Азербайджанской Республики) плотной шелковой ткани, обшитой с трех сторон шелковой бахромой золотистого цвета.
На лицевой стороне полотнища посредине красной полосы вышиты из белого шелка полумесяц высотой 30 см и восьмиконечная звезда высотой 15 см (рис.1).
На обратной стороне полотнища посредине красной полосы вышита из шелка эмблема Государственной пограничной службы (высотой 55 см). Высота букв в надписи — 6,5 см.
Вдоль нижнего края полотнища на зеленой полосе шелковой нитью вышиты:
- На знамени Пограничных войск — слова «Государственная пограничная служба» и «Пограничные войска»;
- На знамени пограничного отряда — слова «Пограничные войска» и «00-й пограничный отряд» (отряд пограничных сторожевых кораблей, авиационный отряд, отряд пограничного контроля) и номер пограничного отряда;
- На знамени воинской части — слова «Пограничные войска» и «Воинская часть номер 0000», номер и название воинской части;
Высота цифр — 7,0 см, размер букв в надписи — 4,5 см. В зависимости от количества букв в названии воинской части размер цифр может быть уменьшен до 5,0 см, а размер букв — до 4,0 см.
Древко знамени изготовлено из круглого дерева с диаметром поперечного сечения 4,0 см и длиной — 250 см.
Древко окрашено в темно-кофейный цвет, лакировано, в нижней его части имеется металлическое кольцо, а в верхней — никелированный фигурный наконечник.
Шнур знамени — крученый, изготовлен из шелка золотистого цвета с кисточками по обеим концам. Длина шнура 270-285 см.

Знамя Сил быстрого реагирования Госпогранслужбы [Указ 4.10.2018 г № 283] - двустороннее полотнище 150х90 см с золотой бахромой, лицевая сторона соответствует государственному флагу, на обороте эмблема Государственной пограничной службы высотой 55 см и внизу надпись "Государственная пограничная служба. Силы быстрого реагирования". "Dövlət Sərhəd Xidməti Çevik Hərəkət Qüvvələri". Высота букв 4,5 см.

Знамя Береговой охраны Госпогранслужбы [Указ 4.10.2018 г № 283] - двустороннее полотнище 150х90 см с золотой бахромой, лицевая сторона соответствует государственному флагу, на обороте эмблема Государственной пограничной службы высотой 55 см и внизу надпись "Государственная пограничная служба. Береговая охрана". "Dövlət Sərhəd Xidməti Sahil Mühafizəsi". Высота букв 4,5 см.

Знамя Пограничного контроля Госпогранслужбы [Указ 4.10.2018 г № 283] - двустороннее полотнище 150х90 см с золотой бахромой, лицевая сторона соответствует государственному флагу, на обороте эмблема Государственной пограничной службы высотой 55 см и внизу надпись "Государственная пограничная служба. Пограничный контроль". "Dövlət Sərhəd Xidməti Sərhəd Nəzarəti". Высота букв 4,5 см.

Знамя Нахичеванской пограничной дивизии Госпогранслужбы [Указ 4.10.2018 г № 283] - двустороннее полотнище 150х90 см с золотой бахромой, лицевая сторона соответствует государственному флагу, на обороте эмблема Государственной пограничной службы высотой 55 см и внизу надпись "Государственная пограничная служба. Нахичеванская пограничная дивизия". "DÖVLƏT SƏRHƏD XIDMƏTI SƏRHƏD QOŞUNLARI NAXÇIVAN ƏLAHIDDƏ SƏRHƏD DIVIZIYASI". Высота букв верхнего ряда 4,5 см, нижнего ряда - 4 см.

Знамя пограничного отряда №... пограничных войск Государственной пограничной службы [Указ 14.01.2004 г № 14, Указ 4.10.2018 г № 283]. Лицевая сторона знамени в общем повторяет государственный флаг. На оборотной стороне знамени в центре полотнища добавлена эмблема. Надпись под эмблемой: "Пограничные войска. Пограничный отряд №..." (Sərhəd Qoşunları. 00-ci Sərhəd Dəstəsi). Высота букв 4,5 см, высота цифр 7 см.

"

Знамя части №... пограничных войск Государственной пограничной службы [Указ 14.01.2004 г № 14, Указ 4.10.2018 г № 283]. Лицевая сторона знамени в общем повторяет государственный флаг. На оборотной стороне знамени в центре полотнища добавлена эмблема. Надпись под эмблемой: "Пограничные войска. Войсковая часть №..." (Sərhəd Qoşunları. 0000 saylı Hərbi Hissə). Высота букв 4,5 см, высота цифр 7 см.

По материалам Й.Паттке (J.Pattke, Германия) - о знаменах 2004 г., а также по материалам собрания законодательства АР - о знаменах 2018 г.

Морские флаги Государственной пограничной службы утверждались несколько раз. Последний раз - Указом Президента АР И.Алиева от 4 октября 2018 года № 283 "О военных флагах Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики и пограничных морских флагах".

Суда Государственной пограничной службы несут зеленый флаг, в кантоне которого изображен военно-морской флаг Азербайджана [подтв. Указ 4.10.2018 г № 283].

Военно-морской флаг — это прямоугольное полотнище, изготовленное из плотной шелковой ткани. На зеленом фоне полотнища флага, в верхней левой его половине (углу) размещены: вдоль нижнего края белого фона — две голубые волнистые полосы, красный полумесяц и справа от него — восьмиконечная звезда, голубой якорь с якорным канатом.
Размеры флага: ширина — 115 см, длина — 180 см; узкая голубая полоса — 5 см, широкая — 15 см, расстояние между полосами — 5 см; расстояние о верхней точки полумесяца до верхнего края, а также от нижней точки до голубой полосы флага — 5 см; диаметр звезды — 7 см; высота якоря — 22 см, ширина — 15 см.

Вымпел судов Государственной пограничной службы - зеленое полотнище с двумя косицами, в головке военно-морской флаг Азербайджана.

Вымпелы пограничных сторожевых кораблей [подтв. Указ 4.10.2018 г № 283] — это уменьшенный Военно-морской флаг Азербайджанской Республики с длинной узкой полосой зеленого цвета, оканчивающейся двумя лучами. Размеры вымпелов (для самых крупных судов, 2018 г.): ширина 35 см, длина 180 см; растояние между концами косиц равно половине ширины вымпела, длина выреза равно 1/7 его длины. Ранее Й. Паттке сообщал о размере брейд-вымпела — ширина 20 см, длина 125 см; и вымпела - ширина 15 см, длина 150 см

Вымпел командующего береговой охраны [утв. Указ 4.10.2018 г № 283] имеет зеленую косицу, на которой эмблема береговой охраны.

Брейд-вымпел командира группы кораблей Государственной пограничной службы. [в Указе 4.10.2018 г № 283 такого вымпела уже нет]

Флаги флоских командиров различного ранга повторяют флаг судов Госпогранслужбы, но дополнены различным количеством белых восьмиконечных звезд.

Командующий Пограничными войсками Государственной пограничной службы [подтв. Указ 4.10.2018 г № 283]:

Флаг начальника Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики — командующего пограничными войсками - Военно-морской флаг Пограничных войск Азербайджанской Республики с тремя восьмиконечными звездами диаметром 30 см (при размере флага 115х180 см).

Начальник Генерального штаба Пограничных войск Государственной пограничной службы [в Указ 4.10.2018 г № 283 этот флаг уже назван флагом Начальника Береговой охраны Государственной погранслужбы]

Флаг начальника Генерального штаба Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики — Пограничных войск — Военно-морской флаг Пограничных войск Азербайджанской Республики с двумя восьмиконечными звездами диаметром 30 см.

Командир соединения кораблей Государственной пограничной службы [в Указ 4.10.2018 г № 283 этот флаг уже назван флагом Начальника штаба Береговой охраны Государственной погранслужбы]

Флаг командующего соединением кораблей Государственной пограничной службы Азербайджанской Республики — Пограничных войск — Военно-морской флаг Пограничных войск Азербайджанской Республики с одной восьмиконечной звездой диаметром 30 см.

Флаг Президента Азербайджана - Верховного главнокомандующего, когда он находится на борту судна Государственной пограничной службы:

Флаг Президента Азербайджанской Республики — Верховного Главнокомандующего Вооруженными Силами — Военно-морской флаг Пограничных войск Азербайджанской Республики с изображением Государственного герба Азербайджанской Республики. Изображение Государственного герба Азербайджанской Республики помещается в верхнем правом углу Военно-морского флага".

По материалам Й.Паттке (J.Pattke, Германия).